Ένα από τα πιο όμορφα εκκλησάκια του Αμαρουσίου είναι ο ιερός ναός Αγίου Θωμά, το οποίο αποτελεί κατάλοιπο μιας άλλης εποχής και συγκλονίζει με την ταπεινότητα και την κατάνυξή του.Με αφορμή την έλευση της Αγίας Κάρας του Οσίου Σεραφείμ, η οποία θα παραμείνει στο εκκλησάκι μέχρι την Τρίτη, 9 Οκτωβρίου, επισκέφθηκα ξανά το πετρόκτιστο εκκλησάκι με την κατάφυτη αυλή και αισθάνθηκα τη γαλήνια ατμόσφαιρα του ιερού ναού, ο οποίος χρονολογείται από την Τουρκοκρατία.
Η εκκλησία έχει ίχνη τοιχογραφιών του 17ου αιώνα και έχει χτιστεί με αρχαία υλικά στην τοιχοδομία της. Στον περιβάλλοντα χώρο υπάρχουν πολλά ανάγλυφα αρχιτεκτονικά μέλη των παλαιοχριστιανικών χρόνων. Είχε καταστραφεί στην Επανάσταση του 1821, όμως το 1930 έγινε η αποκατάσταση του ναού, κατά την οποία διατηρήθηκε η αρχή του μορφή και μεγάλο μέρος των υλικών που είχαν χρησιμοποιηθεί κατά την ανέγερσή του. Το 1972 κρίθηκε διατηρητέος ναός. Έκτοτε αποτελεί ένα ξεχωριστό εκκλησάκι στο Μαρούσι με την κεραμοσκεπή του και τη λιτή του κατασκευή να το κάνουν να μοιάζει σαν να μην ανήκει στην πολύβουη μεγαλούπολη.
Στην εκκλησία του Αγίου Θωμά βρίσκονται λείψανα του Αγίου Αποστόλου Θωμά και του Αγίου Λουκά Αρχιεπισκόπου Συμφερουπόλεως.
