Ο Άγιος Ιωάννης ο Πέλικας είναι από τους αρχαιότερους ναούς της περιοχής, με πλούσια ιστορία.
Το ιερό παρεκκλήσι του Άγιου Ιωάννη βρίσκεται στο λόφο Πέλικα στο Μαρούσι και χρονολογείται στα τέλη του 14ου με αρχές του 15ου αιώνα. Είναι μια από τις εκκλησίες που χτίστηκαν μετά την επικράτηση του Χριστιανισμού για να αντικαταστήσουν αρχαίους ναούς.
Με την κατάληψη της αρχαίας Αθήνας και των Δήμων της από τους Ρωμαίους, το Άθμονον καταλεηλατήθηκε από τους κατακτητές οι οποίοι άρπαξαν όλα τα έργα τέχνης και τα μετέφεραν στη Ρώμη. Ο Ρωμαίος αυτοκράτορας Ανδριανός, ο οποίος ήταν φιλαθηναίος έφτιαξε το περίφημο υδραγωγείο που περνούσε μέσα από το Αθμονον με κατεύθυνση τον χώρο του σημερινού Ολυμπιακού Σταδίου. Ο Ρωμαίος αξιωματούχος Ηρώδης Αττικός που ξόδεψε την περιουσία του για να φτιάξει το Παναθηναϊκό Στάδιο και το Ωδείο Ηρώδου Αττικού, αγαπούσε πολύ το Αθμονον στο οποίο έκανε αρκετά έργα.
Ένα από τα πιο αξιοσημείωτα είναι η φερόμενη μεταφορά του Ιερού της Αμαρυσίας Αρτέμιδος από την πιθανή αρχική του θέση(εκεί που βρίσκεται σήμερα η Παναγία η Νερατζιώτισσα) στο απέναντι προς τη δύση ύψωμα(εκεί που βρίσκεται σήμερα ο Αϊ Γιάννης ο Πέλικας) για να φαίνεται καλύτερα από την πεδιάδα όπου γίνονταν οι γιορτές των Αμαρυσίων.
Ο Άγιος Ιωάννης ο Πέληκας στο Μαρούσι την δεκαετία του ’50. Φωτογραφία του Νικόλαου Τομπάζη ( αρχείο Μπενάκη).
Μια ιδιαίτερη περιγραφή της εκκλησίας δίνει ο Φώτης Κόντογλου, στο έργο του «Τὰ Ρημοκκλήσια τοῦ Μαρουσιοῦ»:
Απάνω σ’ αυτό το χαμοβούνι, στην κορφή του, είναι χτισμένο ένα εκκλησάκι, ο άγιος Γιάννης ο Πέλικας. Απ’ όλα τούτα τα εξωκκλήσια ο άγιος Γιάννης είναι για μένα το πιο αγαπημένο. Στη χαμηλή την πόρτα από πάνω βρίσκεται μια μικρή θυρίδα, και μέσα είναι ζωγραφισμένος ο άγιος Γιάννης ο Πρόδρομος. Τον κυττάζεις μονάχα και ησυχάζουνε τα φυλοκάρδια σου, φεύγουνε από μέσα σου οι στενοχώριες, καθαρίζει κι’ αλαφρώνει η καρδιά σου, γίνεσαι αξέγνοιαστος σαν το παιδί από τη χαρά. Η αληθινή χαρά είναι αυτή που βγαίνει από τα απλά κι’ από τα αγνά πράγματα. Οι βαφές είναι χωματένιες και γλυκειές από την παληοσύνη, το χώμα είναι κολλημένο απάνω από τον αγέρα κι’ από τη βροχή και ξεράθηκε από τον ήλιο. Μερμήγκια βοσκάνε απάνω στη μηλωτή του, μελίσσια βουσβουνίζουνε ήσυχα σα νάναι κερήθρα κείνη η θυρίδα. Το κεφάλι του άγιου Γιάννη είναι ανεμαλλιασμένο σαν πρίνος, το πρόσωπό του και τα χέρια του κεραμιδιά σαν ηλιοκαμένα, το ρούχο του είναι πράσινο ξεθωριασμένο, κι από τον καιρό πήρε μια γλυκύτητα που δεν μπορώ να την παραστήσω σ’ όποιον δεν νοιώθει αυτή τη γλώσσα. Κάθεσαι στ’ ασβεστωμένο πεζούλι, κι’ ακούς το ερημικό τ’ αγέρι που περνά από πάνω σου και σουσουρίζει χαροποιό μέσα στο θυρίδι που στέκεται οάγιος Γιάννης. Τι ειρήνη σε περισκεπάζει εδώ που κάθεσαι, ξεχασμένος από τον κόσμο. Και ρωτάς μονάχος σου: Γιατί να μην απογεύουνται όλοι οι άνθρωποι από τούτο το καθαρό νερό της αγνής ζωής! Από μέσα οι τοίχοι είναι ζωγραφισμένοι από τη γης έως απάνω. Η ζωγραφική είναι απείραχτη, μονάχα πούναι καπνισμένη από το λιβάνι κι’ από τα κεριά. Από τη μια μεριά έχει στασίδια παλιά. Το τέμπλο είναι ξύλινο σκέτο, χωρίς πλουμίδια. Τα καντήλια είναι αναμμένα, μοσκοβολά το λιβάνι. Σαν μπεις μέσα, θαρρείς πως μπαίνεις στη σκηνή του Αβραάμ. Εκείνη η ζωγραφιστή καμάρα σε σκεπάζει με ειρήνη και με κατάνυξη, τ’ άγιο βήμα είναι γεμάτο πίστη και μαρτύριο. Όλα είναι ταπεινά, όλα παρηγορητικά. Η αγιογραφία είναι καμωμένη από κάποιον αγιογράφο αγράμματο που δούλευε «εν αφελότητι καρδίας». Η τέχνη του δεν έχει μαστοριά, ούτε ξυπνάδα, ούτε τίποτα φανταχτερό. Απ’ αυτά τα αθωότατα και τα ντροπαλά έργα βγαίνει μια γλυκύτατη πνοή από πίστη και ταπείνωση και σε κάνουνε να γίνεις κ’ εσύ απονήρευτος κι’ αθώος σαν και κείνον που τάφτιαξε. Μέσα στο σκοτεινό τ’ άγιο βήμα είναι ζωγραφισμένη η Πλατυτέρα, κι’ από κάτω οι πατέρες άγιος Βασίλειος, Χρυσόστομος, Γρηγόριος κι’ Αθανάσιος, όλοι με σκούρα κι’ ασκητικά πρόσωπα, στραβοζωγραφισμένοι, με λίγη τέχνη. Μόλα ταύτα έχουνε ένα βαθύ μυστήριο, που δεν μπορεί να το πετύχει η επιδεξοσύνη του χεριού. Στην καμάρα είναι ζωγραφισμένο το δωδεκάορτο, κι από κάτω στέκουνται ολόσωμοι άγιοι, όσιοι, ιεράρχες, μάρτυρες, κανωμένοι με χρώματα χωματένια σαν κανάτια, κίτρινες ώχρες, χοντροκόκκινα κεραμιδί, μαύρα λαδοπράσινα κι’ άσπρα, που είναι ταιριασμένα με μια ήσυχη θρησκευτική σεμνοχρωμία. Τι κατανυχτικά που είναι διυλεμένα! Πας να τα περιεργασθείς από κοντά και χαίρεσαι την αθωότητα που έχει το πινέλο, τραβηγμένο από θεοφοβούμενο χέρι. Αναπαύεται η ψυχή σου κυττώντας τον άγιο Γιώργη, τον άγιο Δημήτρη, τον αββά Σισώη, τους αγίους Τεσσαράκοντα στη λίμνη της Σεβάστειας. Καλότυχος όποιος έφταξε να χαίρεται με τέτοια άτεχνα, καταφρονεμένα και φτωχά έργα!
